ハンディターミナルとLibCheckは併用できますか？

併用できます。

［蔵書点検処理～データ取込］ ウィンドウで、「ハンディターミナル」と「LibCheck」で読み取った点検データをそれぞれ［取込実行］することで可能です。

※それぞれの点検データ取込方法について詳しくは下記をご参照ください。
『点検データ取込で指定するファイルが分かりません』